Des calculs à la vitesse de la lumière (ou presque !)

Yasmine Chebaro est chargée de recherche à l’Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC). Pour ses modélisations moléculaires, elle a pu, en un an, réaliser l’équivalent de 23 années de calcul sur un ordinateur de bureau. Pour elle, comme pour d’autres, le méso-centre est son outil de travail. Sur la trentaine de méso-centres régionaux que compte la France, celui de Strasbourg est 5e en termes de puissance de calcul. C’est une plateforme de recherche mise à disposition de toute la communauté scientifique alsacienne. « Ce qui en fait un des éléments de leur compétitivité », souligne Romaric David, son responsable.

La puissance de 2000 ordinateurs de bureau

Le méso-centre, c’est une pièce abritant de grandes armoires réfrigérées où tournent en permanence 400 serveurs. Quatre ingénieurs sont au service des utilisateurs. Ils leur apportent leur aide technique, mettent en place les programmes informatiques et les accompagnent. « On ne laisse jamais les chercheurs sans assistance. Nous les rencontrons dans leur laboratoire, et notre porte est toujours ouverte pour tester une nouvelle application. Nous sommes un service de proximité de grande souplesse », annonce-t-il.

Les données massives utilisées pour ces calculs proviennent des instruments d’acquisition (microscopes, spectromètres, séquenceurs ADN à haut débit…) ou des simulations numériques. Ces dernières permettent de reproduire virtuellement notre univers, une opération chirurgicale, un séisme, ou l’inondation d’une ville… Le méso-centre a contribué à la réussite de nombreuses recherches : la définition de la structure tridimensionnelle fine du ribosome publiée dans Nature en 2015, les recherches du prix Nobel de chimie Martin Karplus en dynamique moléculaire, ou l’étude de la dissémination des polluants atmosphériques en région Alsace.

Mutualisation

L’accès est gratuit. Pour les projets qui nécessitent d’importantes capacités, un dossier est soumis au comité scientifique, qui garantit un partage équitable. Autre particularité et point fort du centre : les utilisateurs contribuent à son équipement en y installant et en partageant leurs serveurs, financés par leurs programmes de recherche. La moitié des serveurs sont ainsi mutualisés. L’autre moitié a été financée par l’Equipex Equip@meso en 2013, pour plus d’un million d’euros.

Grâce à l’IdEx, le centre développe l’ouverture du service au PME. Il figure dans le contrat de plan État-Région 2015-2020 (projet Alsacalcul). Le financement de 4 millions d’euros permettra de doubler la capacité de calcul. Explosion des données oblige, le centre ne peut que continuer à se développer.

Stéphanie Robert